Sinds 2017 neemt de provincie Utrecht gefaseerd de verlening van de subsidies natuurbeheer over van RVO. Eind 2017 hebben 3 grote beheerders en 1 nieuw opgericht natuurcollectief een subsidie aanvraag ingediend. Daarnaast hebben in diezelfde periode 2 bestaande natuurcollectieven en 2 grote beheerders een uitbreidingsaanvraag ingediend. Deze aanvragen zijn in 2018 beoordeeld en beschikt. In 2018 hebben natuurbeheerders subsidie voor natuurbeheer ontvangen voor in totaal 20.658 ha (66% van de  oppervlakte natuur).

Het aantal gesubsidieerde hectaren (ca. 72% van het NNN) is lager dan de totale omvang van de NNN minus de nog geplande hectaren ontwikkeling van nieuwe natuur. Dit komt omdat overheden geen beheersubsidie kunnen aanvragen. Ook zijn er particuliere eigenaren die geen beheersubsidie aanvragen. Deze terreinen worden overigens wel door deze organisaties beheerd.

Subsidies voor agrarisch natuur- en landschapsbeheer verstrekken we via de 7 agrarische collectieven. Deze collectieven hebben eind 2015 op basis van de Subsidieverordening Natuur en Landschapsbeheer 2016 een subsidie voor agrarisch natuurbeheer ontvangen voor de periode van 2016 tot en met 2021. In het eerste beheerjaar 2016 hebben de collectieven ca. 5.740 ha beheerd voor een subsidiebedrag van ca. €3 mln. In 2017 en ook in 2018 is het areaal uitgebreid. In het beheerjaar 2018 hebben de collectieven 7.438 ha beheerd voor een subsidiebedrag van €3,7 mln.
Voor de beheerperiode 2019-2022 zal het areaal (weidevogel-) beheer worden uitgebreid door de introductie van de ‘weidevogelrandzone’. Hierdoor kan ook buiten de weidevogelkerngebieden gesubsidieerd beheer plaatsvinden.  Dit is mogelijk gemaakt door (extra) beschikbaar gestelde POP-middelen (€22 mln. landelijk) ten behoeve van de intensivering van het weidevogelbeheer.
Agrarisch natuur- en landschapsbeheer wordt voor 50% gefinancierd uit EU-middelen (POP3) en voor 50% uit provinciale middelen.